H φαρμακευτική αγωγή με αναστολείς αντλίας πρωτονίων (PPIs) αναστέλλει την παραγωγή γαστρικού οξέος, το οποίο λειτουργεί ως φραγμός ενάντια στους παθογόνους μικροοργανισμούς. Αυτό έχει αποτέλεσμα οι μικροοργανισμοί αυτοί να συνεχίσουν την πορεία τους. Διαταράσσουν το εντερικό μικροβίωμα και προκαλούν παρενέργειες, όπως η διάρροια. Η εξισορρόπηση του μικροβιώματος με φιλικά βακτήρια μπορεί να προλάβει αλλά και να βελτιώσει τις αρνητικές επιπτώσεις.

Η έλλειψη μαγνησίου (υπομαγνησιαιμία) έχει αναγνωριστεί ως παρενέργεια των PPIs, καθώς έχει φανεί ότι η φαρμακευτική αγωγή με PPIs επηρεάζει τη γαστρεντερική απορρόφηση του μαγνησίου. Τα χαμηλά επίπεδα μαγνησίου μπορεί να προκαλέσουν προβλήματα, μερικά από τα οποία είναι δυνητικά σοβαρά, όπως αρρυθμίες, επιληπτικές κρίσεις και τετανία. Το κιτρικό μαγνήσιο χρησιμοποιείται άμεσα από τον οργανισμό χωρίς να χρειάζεται γαστρικό οξύ ή άλλη διαδικασία μετατροπής.

Τα PPIs αυξάνουν τον κίνδυνο οστεοπορωτικού κατάγματος. Λόγω της υποχλωρυδρίας παρατηρείται μειωμένη απορρόφηση ασβεστίου, καθώς η διαλυτότητα του ασβεστίου εξαρτάται από το pH.

Η μακροχρόνια λήψη PPIs αποτελεί αίτιο έλλειψης σιδήρου επηρεάζουν άμεσα τον μεταβολισμό του σιδήρου, καταστέλλοντας τη γαστρεντερική απορρόφησή του, λόγω της μείωσης της έκκρισης του γαστρικού οξέος.

Ο ψευδάργυρος απορροφάται ευκολότερα από τον οργανισμό σε χαμηλό pH. Η φαρμακευτική αγωγή με PPIs αυξάνει το pH του στομάχου, γεγονός που δυσχεραίνει την απορρόφηση του ψευδαργύρου και οδηγεί σε ελλείψεις.

Η βιταμίνη C εκκρίνεται στο γαστρικό υγρό. Κατά τη θεραπεία με PPIs μειώνεται η έκκριση γαστρικού οξέος και κατά συνέπεια η συγκέντρωση της βιταμίνης C εκεί. Υπάρχουν, επίσης, ενδείξεις ότι η χρήση PPIs προκαλεί πτώση στα επίπεδα βιταμίνης C, μειώνοντας τη βιοδιαθεσιμότητα της δραστικής αντιοξειδωτικής της μορφή, ως ασκορβικό οξύ.

H μακροχρόνια αγωγή με PPIs έχει συσχετιστεί με δυσαπορρόφηση της βιταμίνης B₁₂. Η αύξηση του ενδογαστρικού pH εμποδίζει τη σωστή απελευθέρωση της βιταμίνης από τις διατροφικές πρωτεΐνες για να επιτραπεί η απορρόφηση. Επιπλέον, η μείωση του γαστρικού οξέος μπορεί να αποτελέσει πρώιμο παράγοντα βακτηριακής υπερανάπτυξης του λεπτού εντέρου (SIBO) που με τη σειρά του οδηγεί σε αύξηση της κατανάλωσης της βιταμίνης Β₁₂ από τα βακτήρια.

Βελτιώνει τη λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος και ενισχύει την άμυνα του οργανισμού.